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　　核酸染料目前已經(jīng)有很多種類(lèi)型，我們在做實(shí)驗進(jìn)行選擇的時(shí)候，有哪些因素制約著(zhù)我們呢，我們應該用哪些指標去評價(jià)它們，最終找到適合的染料呢？下面從安全性、靈敏度、穩定性、對染色效果的影響（比如染色方法、遷移率等）以及價(jià)格等方面來(lái)對染料進(jìn)行評價(jià)。

　　

　　1、安全性

　　

　　如果選擇EB替代染料，那么染料的安全性就是一個(gè)非常重要的指標。安全性評估主要的檢測有Ames測試、細胞滲透性實(shí)驗、染色體畸變和正向突變分析、口服毒性分析等。在安全性方面，具有較多檢測項目和機構出具檢測報告的染料，安全性可能會(huì )更高；另外在一些報道或對比數據中，我們也可根據它們可能的原料來(lái)判斷它們的安全性。

　　

　　2、靈敏度

　　

　　幾乎所有的EB替代染料都宣稱(chēng)其染料的靈敏度至少不低于EB，甚至高于EB，具體到試驗內容上，只要不是有特殊的需求一般都能滿(mǎn)足。

　　

　　3、穩定性

　　

　　核酸染料的穩定性和在各種條件下的染色效果，會(huì )直接影響觀(guān)察到的染色結果。

　　

　　4、遷移率

　　

　　在介紹遷移率之前，先了解下常用的染料電泳中應用的3種方式。

　　

　?。?）點(diǎn)染法：是指將染料、樣品和上樣緩沖液混在一起，直接在膠上點(diǎn)樣；

　　

　?。?）膠染法：是指在將融膠倒入膠板前，把染料加入融化的瓊脂糖凝膠溶液中混勻，然后再倒入膠板，這種方法也是常用的方法；

　　

　?。?）泡染法：是指在電泳時(shí)不加入任何染料，在電泳完成后，將膠置入含有一定濃度染料的染液中進(jìn)行染色。

　　

　　由于所有的核酸染料最終都會(huì )結合到DNA上，才能通過(guò)染料從而對DNA進(jìn)行分析，這也就意味著(zhù)如果采用點(diǎn)染法或膠染法進(jìn)行核酸檢測時(shí)，根據使用的染料不同，染料或多或少會(huì )對核酸的遷移率甚至帶型產(chǎn)生影響。一般來(lái)說(shuō)，染料分子越大，安全性會(huì )越高；但同時(shí)，用膠染法對電泳的遷移率或帶型影響就越明顯，雖然可以通過(guò)減少核酸上樣量等方式來(lái)進(jìn)行改善，但仍達不到泡染法的效果。這也是為什么大多數染料（低毒/無(wú)毒）廠(chǎng)商建議，采用泡染法來(lái)得到準確、漂亮的核酸帶型。

　　

　　當然，對帶型、遷移率等的影響除了核酸染料外，還有其它的影響因素，比如瓊脂糖的質(zhì)量，電泳緩沖液的緩沖能力等都有可能對帶型和遷移率產(chǎn)生影響。